Predstavenstvo JPK dozerá na činnosť združenia a ovplyvňuje ju. Jeho členmi sú zástupcovia spolupracujúcich cirkví:

Ing. Ondrej Garaj - ako riaditeľ združenia má v práci JPK povinnosť cirkevnej neutrality
Mgr. Miroslav Jäger (Evanjelická cirkev a.v.) - predseda
Pavel Kopčok (Bratská jednota baptistov)
Antónia Halačiová (Evanjelická cirkev metodistická)
Ing. Ondrej Kerekréty (Cirkev bratská)
Jaroslav Krajčovič (Apoštolská cirkev)
Mgr. Timea Kassai (Reformovaná kresťanská cirkev)